Cơ chế hoạt động của halofantrine vẫn chưa được biết. Sự hấp thu của halofantrine là thất thường, nhưng được tăng lên khi dùng cùng với thức ăn béo. Do lo ngại độc tính do tăng nồng độ halofantrine trong máu, nên dùng halofantrine khi bụng đói.

Nồng độ huyết tương đạt cực đại lúc 16 giờ và thời gian bán hủy của thuốc là khoảng 4 ngày.